1) Leibniz Institut für Plasmaforschung und Technologie e.V.

Felix-Hausdorff-Str. 2

17489 Greifswald

2) Ausschreibungsinformationen

3) Dienstleistungsgegenstand: Analyse der metabolischen Adaptation von eukaryotischen Zellen an nicht-thermische Plasmabehandlung

4) Mögliche Schlagworte: Metabolomics, Primärstoffwechsel, Analytik kleiner Moleküle ( small molecules )

5) Einordnung: Werkvertrag

6) Zweck der Dienstleistung:

7) Untersuchungen zum intra- und extrazellulären Stoffwechsel eukaryotischer Zellen sowie eine erste Auswertung der erhaltenen Daten hinsichtlich signifikanter Effekte der Plasmabehandlung auf die Untersuchungsobjekte. Die Dienstleitung soll Informationen in Art und Tiefe bereit stellen, die die Identifikation von Wirkmechanismen zulässt und eine Bewertung der möglicherweise daraus ergebender Anwendungsfelder zulässt. Da für die Untersuchungen noch keine Referenzdaten existieren (die Auswirkung von Plasmen auf den Primärstoffwechsel wurden noch nicht untersucht), soll außerdem eine Methodenetablierung erfolgen.

8) Fachliche Spezifikation der Dienstleistung.

1. Untersuchung des extrazellulären Stoffwechsels

a. Durchführung NMR-spektroskopischer Analysen von Kulturmediumproben (behandelte und nicht behandelte Zellen)

b. relative (bzw. wenn möglich absolute) Quantifizierung von organischen Medienbestandteilen (mindestens folgende Verbindungen: siehe Anhang)

c. statistische Analyse der NMR-Daten mittels Principal component analysis (PCA) oder Partial least square analysis (PLS) bzw. Derivaten hiervon (z. B. O-PLS).

2. Untersuchung des intrazellulären Stoffwechsels

a. Gewinnung von intrazellulären Metabolom-Proben zur Charakterisierung des Stoffwechsels der Zellkulturmodelle (Basisstoffwechsel-Karte; nicht behandelte Zellen)

b. Gewinnung von intrazellulären Metabolom-Proben zur Charakterisierung des Stoffwechsels mit Plasma behandelter Zellkulturen

c. Analyse der intrazellulären Metabolom-Proben mittels GC-MS und HPLC-MS

d. qualitative und quantitative Analyse von Schlüsselmetaboliten (C-Stoffwechsel; N-Stoffwechsel)

e. statistische Auswertung von GC-MS und HPLC-MS-Daten mittels inhouse-Software bzw. online-XCMS-Auswertung.

3. Die Gesamtzahl der zu analysierenden Proben soll mindestens 160 betragen. Dabei ist zu berücksichtigen, dass signifikante Effekte nachweisbar sein sollen (mind. 3 Replikate).

Sonstige Mindestanforderungen:.

1. Adaptation von Zellaufschlussprotokollen an die zu verwendenden Zellkultur- bzw. Gewebemodelle.

2. Metaboliten des Energiestoffwechsels der Zelle sollen besonders berücksichtigt werden ( Energiecharge ).

3. Mindestens Metabolitenspektrum wie im Anhang aufgelistet muss erfasst werden eine Auflistung der möglichen Spektren die durch den Bieter untersucht werden können, muss explizit mit angefügt werden.

4. Anzahl der Vor-Ort-Termine: für jedes Experiment erforderlich (d.h. mind. 4).

5. Anzahl ausführlicher Abstimmungen pro Monat: 1-2 vor Ort oder per Videokonferenz.

6. Eine hohe räumliche Nähe ist von Vorteil, da so eine schnelle Probenaufbereitung nach Behandlung gewährleistet werden kann (z. B. durch Probennahme im INP). Ist dies aufgrund der geographischen Lage nicht möglich kann der Versand der Proben (Trockeneis) auf Kosten des Leistungsanbieters erfolgen. Eine Weiterverarbeitung (auch: Lagerung nach jeweilig technisch-wissenschaftlich sinnvollen und qualitätserhaltenden Regeln) muss dann innerhalb von 24h gewährleistet sein.

7. Referenzliste [Metabolomanalysen in den letzten 3 Jahren;] sowie Liste relevanter Publikationen bzw. ähnlicher Projekte (Projektdauer, Projektfeld) innerhalb der letzten 3 Jahre.

8. Liste des zur direkten Verfügung stehenden Geräteparks (Typ, Modell, Baujahr)

Optionale Anforderungen:

1. Erweitertes Metabolitenspektrum.

2. Nachweis oxidierter Verbindungen (u.U. nach spezifischer Probenaufarbeitung)

a. Nucleobasen

b. Fettsäuren

Leistungen die neben der Dienstleistung durchzuführen sind:

- Recherchen

- Dokumentation

Vergabekriterien:

- Kosten (Honorar) 30%

- Erfahrung/Referenzen 20%

- Flexibilität/ Verfügbarkeit 20 %

- Analytenspektrum 20 %

Anhang Analyten-Liste (Asparagine) (NAD+) (NADP+) (Phosphoenolpyruvate) 2-Oxoglutarate 3-Phosphoglycerate 5-Oxoproline Adenine ADP Alanine AMP Arachidonsäure & Derivate Aspartate ATP CDP Cholesterol Citrate CMP CTP Cysteine Dihydroorotate FAD Fructose-1,6-bP Fructose-6-P Fumarate GDP Glucose Glucose-6-P Glutamate Glycerol Glycine GMP GSH GSSG GTP Guanine Histidine IMP Isoleucine Lactate Leucine Linolensäure Linolsäure Lysine Malate Ölsäure Ornithine Orotate oxididierte Nucleobasen (8-Oxo-Guanin & Co) Phenylalanine Phosphatidylserin Proline Pyruvate Serine Succinate Threonine Thymine Tryptophan UDP UMP Uracil Urea UTP Valine

9) Erfüllungsort: 17489 Greifswald, Mecklenburg-Vorpommern

10) Art der Ausschreibung: Dienst- und Lieferleistungen (VOL)

11) Angebotsfrist: 18. Oktober 2013

11) Kontakt: E-Mail: christin.siedler@inp-greifswald.de